Module of Advanced Topics in Biodiversity Applied Methods (Methodological)

Level: Master's and Doctoral

Required: No

Workload: 15 hours

Credits: 1

Instructor: Henrique Maia Valério

Syllabus:

Physiological, metabolic and genetic characteristics of yeasts. Molecular analysis methods for yeasts: genome, transcriptome, proteome, metabolome. Fermentative versus oxidative growth. Fermentation regulation. Genetic manipulation and optimization of fermentative processes.

Bibliography:

FELSENSTEIN J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution, v.39, p.783–791, 1985.

BARNETT, J. A.; PAYNE, R. W.; YARROW, D. Yeasts: caracteristics and identification. 2.ed. New York: Cambridge University, 1990.

BRASIL. A convenção sobre diversidade biológica. Ministério do Meio Ambiente, Brasília, 2000.

KREGER-VAN RIJ, N. J. W. The yeasts: a taxonomic study. 3.ed. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier, 1984.

World Federation for Culture Collections. Guidelines for the Establishment and Operation of Collections of Culture of Microorganisms. Bélgica: WFCC, 2010.

Cletus Kurtzman, J.W. Fell, Teun Boekhout,The Yeasts: A Taxonomic Study, Elsevier, 2011, 2354 p.

Cletus P. Kurtzman, Jure Piškur. Taxonomy and phylogenetic diversity among the yeasts. In: Comparative genomics: Using Fungi as Models, pp 29-46, Springer Berlin Heidelberg, 2006. 10.1007/b95174, 289p. 

T. Satyanarayana, Gotthard Kunze. Yeast Biotechnology: Diversity and Applications. Springer Netherlands, 2009. 744p. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Marcílio Fagundes. 

Ementa: Componentes da diversidade biológica; Caracterização espaço-temporal da diversidade; mensuração da diversidade (índices de diversidade – série de Hill, rank de abunância de espécies – distribuições teóricas e observadas); curva de acumulação de espécies (rarefação); partição aditiva da diversidade (diversidade alfa, beta e gama); modelos nulos e análises de co-ocorrência. Valoração da diversidade biológica com foco no cerrado/caatinga. 

Bibliografia:   

BEGON, M.; TOWNSEND, C. R.; HARPER, J. L. 2007. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, Porto Alegre.

MAGURRAN, A. E. 2003. Measuring biological diversity. Blackwell, Malden.

KREBS, C. J. 1989. Ecological methodology, 2 ed. Benjamin Cummings, Menlo Park. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Ronaldo Reis Junior. 

Ementa: Formulação de hipóteses científicas e suas predições. Teoria de Amostragem. Replicação e randomização. Delineamentos experimentais. Experimentos observacionais. Delineamentos com pseudorepetição espacial e temporal. Tipos de dados e variáveis. 

Bibliografia:   

Ruxton, G. D.; Colegrave, N. Experimental Design for Life Science, Oxford, 162 p. 2006.

SCHEINER, S. M.; GUREVITCH, J. Design and Analysis of Ecological Experiments. 2ª Ed. Oxford, 2001. 415p.

SOKAL, R. R.; ROHLF, F. J. Biometry: the principles and practice of statistics in biological research. 2ª ed., W. H. Freeman and Company, 768 p. 1995. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Luiz Alberto Dolabela Falcão. 

Ementa: Transformando a ecologia em números; tabulação de dados; como apresentar e interpretar resultados estatísticos; estatística básica. 

Bibliografia:   

GOTELLI, N. J. & ELISSON, A. M. Princípios de estatística em ecologia (2011). 1 ed. Artmed. 528pp.

MAGNUSSON, W. E. & MOURÃO, G. Estatística sem matemática (2005). 1 ed. Ed. Planta 138pp.

CULLEN-JR, L.; RUDRAN, R.; VALLADARES-PADUA, C. Métodos de estudos em biologia da conservação e manejo da vida silvestre (2006). 2 ed. Ed. UFPR 652pp. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Ronaldo Reis Junior. 

Ementa: Conceitos da linguagem R. Uso da interface IDE R-Studio. Uso da interface GUI Rcommander. Criação e manipulação de objetos. Importação e manipulação de dados. Criação de gráficos exploratórios. Cálculo de índices ecológicos. Geração de relatórios das análises. 

Bibliografia:   

Crawley, M. J. (2013), The R Book, John Wiley & Sons. 975p.

Apostilas e manuais do próprio R (http://www.r-project.org) 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Walter Santos de Araújo. 

Ementa: A importância dos insetos. Métodos de amostragens passivos e ativos. Táxon alvo e esforço amostral. Técnicas de coleta ativa. Armadilhas de solo. Armadilhas de isca. Armadilhas luminosas. Armadilhas para amostragem de longa duração. 

Bibliografia:   

Camargo, A.J.A. et al. Coleções entomológicas: legislação brasileira, coleta, curadoria e taxonomia para as principais ordens. Brasília, Embrapa. 2015. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Waldney Pereira Martins. 

Ementa: Estimativas de densidade populacional, Marcação e recaptura, censo por transecção linear, “point transect”; Técnicas de levantamento faunístico (vertebrados ), Busca direta ou ativa, Armadilhas (Pitfall, redes, rede de neblina, Shermann, Tomahawk, armadilhas fotográficas), Vestígios e indícios (reconhecimento de vocalização, fezes, pegadas, locais de nidificação); Definição da técnica correta para uso em sua pesquisa. 

Bibliografia:   

SUTHERLAND, W.J. Ecological Census techniques (a handbook). 2nd Edtion. Cambridge University Press. 2006. 

POUGH, F.; HARVEY, J.; CHRISTINE, M.; HEISER, John B. A Vida dos Vertebrados. 4. ed. São Paulo: Atheneu, 2008. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Ana Paula Glinfskoi Thé. 

Ementa: Conceitos de sistemas socioecológicos, conhecimentos ecológicos tradicionais, manejo comunitário de recursos naturais. Métodos e técnicas de pesquisa de dados socioecológicos. Técnicas de entrevistas livres e estruturadas. Observação direta e pesquisa participante. Análise quanti-qualitativa de dados socioecológicos. O uso da fotografia em estudos etnoecológicos e etnobiológicos. 

Bibliografia:   

Peroni, N., H. F. P. Araujo, and N. Hanazaki. “Métodos ecológicos na investigação etnobotânica e etnobiológica: o uso de medidas de diversidade e estimadores de riqueza.” Métodos e técnicas na pesquisa etnobiológica e etnoecológica (2008): 255-276. 2. 

POSEY, Darrell Addison. “Etnobiologia: teoria e prática.” Suma etnológica brasileira 1 (1987): 15-25. 3. SILVA, VA da et al. Técnicas para análise de dados etnobiológicos. Métodos e Técnicas na Pesquisa Etnobiológica e Etnoecológica, p. 187-206, 2010. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Henrique Maia Valério. 

Ementa: Métodos de amostragens em microbiologia ambiental (ecossistemas terrestres, aquáticos e do ar) e em ecologia de microrganismos, Métodos de aplicação microbiana em Biotecnologia, em Biorremediação e em Monitoramento ambiental com microrganismos bioindicadores, Métodos de caracterização de biomoléculas microbianas de diversas fontes (microrganismos de solo, endofíticos, epifíticos e Parasitas). 

Bibliografia:   

ATLAS, R.M. & BARTHA, R. Microbial ecology: fundamentals and applications. 4. Ed. Massachusetts: Benjamin Cummings, 1998. 643p.

BURNS, R.G. & SLATER, J.H. (Eds.) Experimental Microbial Ecology. London: Blackwell Scientific Pub., 1982. 683p.

HALL, OS. (Ed.) Methods for the examination organism diversity in soils and sediments. Surrey: CAB lnternational, 1996. 299p.

HURST, O.J.: KNUDSEN, G.R,; MCINERNEY, M.J.; STETZENSACH, L.D. WALTER. MV. Manual of Environmental Microbiology. Washington: American Society for Microbiology, 1997. 870p. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Marcílio Fagundes. 

Ementa: Métodos de Amostragem. Padrão espacial e associação de espécies em uma comunidade. Índices de similaridade entre amostras e vegetação. Diversidade. Número de espécies em relação à área. Mudanças da vegetação ao longo de gradientes ecológicos. 

Bibliografia:   

M.J. CRAWLEY. 1997. Plant ecology. 2o ed. Blackwell Science, London.

Dale, M. R. T. 1999. Spatial pattern analysis in plant ecology. Cambridge University Press, Cambridge.

Greig-Smith, P. 1983. Quantatitive plant ecology. 3ª edition. Univ. of California Press, Berkeley.

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Anderson Medeiro dos Santos. 

Ementa: Ordenação e inércia; Análise de Componentes Proncipais (PCA); Análise de Correspondência (RA); Análise de Correspondência Destendenciada (DCA); Análise de Correspondência Canônica. 

Bibliografia:   

Ter Braak, C. J. F.; Jongman, R. H. G.; Van Tongeren, O. F. R. Data Analysis in Community and Landscape Ecology (1995). Cambridge Univ Press Usa.

Gauch, H.G. 1982. Multivariate Analysis in Community Ecology. Cambridge University Press, Cambridge, England. 298 pages. Chinese edition 1989. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Ronaldo Reis Junior. 

Ementa: Detecção da Pseudorepetição e suas implicações. Tipos de Pseudorepetições. Modelos aninhados. Modelos de Parcelas Subdivididas (splitplot). Modelos temporais. Modelos pseudorepetidos com dados não-normais. 

Bibliografia:   

Crawley, M. J. (2013), The R Book, John Wiley & Sons. 975p.

Pinheiro, J. C. & Bates, D. M. (2002), Mixed Effects Models in S and S-Plus, Springer.

Venables, W. & Ripley, B. (2003), Modern Applied Statistics with S, Springer. 512p. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Ronaldo Reis Junior. 

Ementa: Modelos estatísticos: construção, crítica e simplificação. Dados de contagens (Distribuição Poisson). Dados proporcionais (Distribuição Binomial). Dados binários (Distribuição Binomial). Dados multiplicativos (Distribuição Gama). Dados contínuos (Distribuição Gaussian). Correção de dados sobredispersos. Análise de Sobrevivência (Distribuição Weibull). 

Bibliografia:   

Crawley, M. J. (2013), The R Book, John Wiley & Sons. 975p.

Crawley, M.J. (2005), Statistics: An Introduction using R, John Wiley & Sons. 342p.

Venables, W. & Ripley, B. (2003), Modern Applied Statistics with S, Springer. 512p. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Luiz Alberto Dolabela Falcão. 

Ementa: Histórico das metanálises em ecologia; metanálises e artigos de revisão; estatística em metanálises; como planejar, apresentar e interpretar metanálises. 

Bibliografia:   

Borenstein, M., Hedges, L.V., Higgins, J. P.T. and Rothstein, H.R. (2009). Introduction to meta-analysis. West Sussex, John Wiley & Sons.

Hedges, L. V. and Olkin, I. (1985). Statistical methods for meta-analysis. San Diego, Academic Press.

Rosenberg, M.S., Adams, D.C. and Gurevitch, J. (2000). MetaWin: Statistical software for meta-analysis. Sunderland, Massachusetts, Sinauer Associates, Inc. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Anderson Medeiros dos Santos. 

Ementa: O conceito de produtividade; Produtividade aquática vs. Terrestre, Taxa de Crescimento Relativo; Cálculo da produtividade; Métodos destrutivos e demográficos. 

Bibliografia:   

George Clifford Evans. The Quantitative Analysis of Plant Growth - Studies in Ecology, Vol. I. University of California Press, 1972. 734 pp. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Dario Alves de Oliveira. 

Ementa: A propriedade privada de bens imateriais. Os dois subsistemas do regime jurídico: Propriedade Industrial e Direito Autoral. Conceito de autoria. Evolução dos privilégios de exclusividade em normas e regras institucionalizadas. Tratados Internacionais, OMPI, TRIPs (OMC). Os direitos da Propriedade Industrial: patentes, marcas, desenhos industriais, repressão às falsas indicações geográficas e à concorrência desleal. Licenças compulsórias. Contrafação de marcas. Procedimentos do INPI. Lei de Inovação. Outras formas de proteção sui generis, Lei de Cultivares. 

Bibliografia:   

BARBOSA, Denis Borges. Uma introdução à propriedade intelectual. Lumen Júris.. 2ª edição, Rio de Janeiro, 2003.

BRASIL. Lei n.º 5.772. Institui o Código da Propriedade Industrial, e dá outras providências. 21 dez. 1971, Rio de Janeiro, 1971. 

BRASIL. Lei da Propriedade Industrial n.º 9.279. Regula direitos e obrigações relativos à propriedade industrial. 14 mai 1996. Rio de Janeiro. 1996. 

MACEDO, Maria Fernanda Gonçalves. Patentes, Pesquisa & Desenvolvimento : Um manual de propriedade intelectual. – Primeira Edição. Rio de Janeiro. FIOCRUZ – 2000. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Márcio Antônio Silva Pimenta. 

Ementa: Contextualização da genética e da biologia molecular. Estrutura dos ácidos nucléicos e cromossomos. PCR. Principais marcadores moleculares aplicados à conservação da biodiversidade. Desenho de iniciadores. Programas estatísticos utilizados em análises de diversidade genética. Transferibilidade de marcadores microssatélites. 

Bibliografia:   

Avise JC. 2004. Molecular markers, natural history, and evolution. 2ªed. Sunderland: Sinauer.

Borém A. 2007. Biotecnologia Florestal. Viçosa: Editora UFV.

Borém A & Caixeta ET. 2006. Marcadores Moleculares. São Paulo: Editora Independente.

Brondani RPV, Brondani C & Grattapaglia D. 2007. Manual Prático para o Desenvolvimento de Marcadores Microssatélites em Plantas. Brasília: Embrapa SCT.

Ferreira ME & Grattapaglia D. 1998. Introdução ao Uso de Marcadores Moleculares em Análise Genética. Brasília: EMBRAPA – CENARGEN.

Goldstein BG & Schlotterer C. 1999. Microsatellites: Evolution and Applications. New York:Oxford University Press.

Hillis DM, Moritz C, Mable BK. 1996. Molecular Systematic. Massachusetts: Sinauer Associates. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Frederico de Siqueira Neves. 

Ementa: Demonstrar as principais técnicas para o acesso ao dossel. Normas de segurança. Introdução aas tecnicas de escalada esportiva. 

Bibliografia:   

ABETA e Ministério do Turismo.Manual de boas práticas de escalada – Belo Horizonte:Ed. dos autores, 2009. 64 p. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Magno Augusto Zaza Borges. 

Ementa: Métodos de amostragem direta de adultos e larvas: armadilhas, atrativos, técnicas de busca. Montagem e conservação dos espécimes. Índices epidemiológicos. 

Bibliografia:   

SILVER, John B. Mosquito ecology: field sampling methods. Springer Science & Business Media, 2007.

COHNSTAEDT, Lee W. et al. Arthropod surveillance programs: basic components, strategies, and analysis. Annals of the Entomological Society of America, v. 105, n. 2, p. 135-149, 2012. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Lemuel Olívio Leite. 

Ementa: Métodos de amostragem em diferentes áreas da pesquisa com aves em campo, inventários, anilhamento, coleta de espécimes, parasitologia, dieta, comportamento e genética. 

Bibliografia:   

Matter, S.V.; Straube, F.C.; Accordi, I.; Piacentini, V. e Cândido, J.F. Ornitologia e Conservação - Ciência Aplicada, Técnicas de pesquisa e Levantamento. Technical Books Editora. 1ª Edição. 2010. 

Nível: Mestrado e Doutorado. 

Obrigatória: Não. 

Carga Horária: 15 horas. 

Créditos: 1. 

Professor: Lemuel Olívio Leite. 

Ementa: Técnicas de preparação e preservação de espécimes de aves para coleções científicas. Taxidermia. 

Bibliografia:   

Corrêa Filho, A. Técnicas Modernas de Taxidermia. Fundação Biblioteca Nacional.